商洛學(xué)院始終堅持“科研強校”戰(zhàn)略，高度重視科研工作，在制度建設(shè)、項目建設(shè)、成果應(yīng)用轉(zhuǎn)化、科研平臺打造、服務(wù)地方社會等方面主動作為、著力提升、不懈進取，充分實踐了“自強不息 止于至善”的大學(xué)精神。
學(xué)校建成陜西省科協(xié)院士專家工作站2個（趙鵬大院士工作站、張生勇院士工作站），生物學(xué)學(xué)科進入陜西省優(yōu)勢學(xué)科，建成全國唯一的省級尾礦資源綜合利用重點實驗室等18個省級研究平臺、22個市級科研平臺、10個校外博士工作站、3個農(nóng)作物技術(shù)示范推廣實驗站，擁有全國冶金礦產(chǎn)固廢資源化匠心團隊1個、陜西省科技創(chuàng)新團隊1個、陜西高校青年科技創(chuàng)新團隊6個，市級科研創(chuàng)新團隊10個，建有“秦嶺植物標(biāo)本陳列室”“秦嶺礦產(chǎn)資源陳列室”“商洛紅色文化資料館”3個大型科普展室，建成2個省級科普教育基地，3個市級科普基地；與浙江萬里學(xué)院、西安工業(yè)大學(xué)、西安體育學(xué)院、曲阜師范大學(xué)、西北大學(xué)、西安科技大學(xué)等6所高校簽訂了聯(lián)合培養(yǎng)碩士研究生協(xié)議，獲得研究生聯(lián)合培養(yǎng)示范工作站1個（與西北大學(xué)聯(lián)合申報）。
學(xué)校始終鼓勵廣大教師科研人員圍繞區(qū)域經(jīng)濟社會發(fā)展開展科學(xué)研究、科技咨詢、科技服務(wù)與成果推廣，在全省高校中率先設(shè)立了“服務(wù)地方專項科研計劃”；建立了陜西省尾礦資源數(shù)據(jù)庫和標(biāo)本陳列室，建成全省首個中草藥標(biāo)準(zhǔn)化生產(chǎn)氣象災(zāi)害監(jiān)測預(yù)警系統(tǒng)；以“商麥5226”為代表的系列小麥新品種累計推廣540余萬畝，累計增加農(nóng)戶收入3億多元。
學(xué)校圍繞“南水北調(diào)”中線工程、商洛市移民區(qū)規(guī)劃、秦嶺生態(tài)及旅游建設(shè)等地方重大問題積極開展專題研究，向有關(guān)部門提交了以南水北調(diào)（中線）商洛水資源補償模型、丹江流域水土流失修復(fù)模式為代表的多種科學(xué)規(guī)劃方案和近百篇高質(zhì)量研究咨詢報告，為地方政府決策提供了諸多切實可行的理論及實踐依據(jù)，受到市委、市政府和有關(guān)部門的高度重視，為地方經(jīng)濟社會文化發(fā)展帶來了良好效益。
2006年升本以來，學(xué)校共出版學(xué)術(shù)著作、教材等130余部，被SCI、EI、CSSCI等核心期刊檢索收錄論文300余篇，授權(quán)專利195件、軟件著作權(quán)160項，審定植物新品種2個；學(xué)校共獲批國家自然科學(xué)基金項目、國家社科基金項目和國家科技推廣項目、教育部人文社科項目25項，省部級重大、攻關(guān)項目60余項，獲市廳級及以上級別各類科技獎勵300余項,科普類作品獲省級獎項15項。
《商洛學(xué)院學(xué)報》學(xué)術(shù)影響不斷擴大，兩次被評為全國高校優(yōu)秀社科學(xué)報，進入武漢大學(xué)RCCSE核心期刊擴展目錄和國家新聞出版廣電總署首批學(xué)術(shù)期刊認(rèn)定目錄。